inpdb=$1
outchord=$2
outheat=$3
colorscheme=$4

echo "inpdb"
inpdb
echo $inpdb
/var/www/html/disteval/static/working/02-Apr-2025-10-39-46/crystal_Mex3a_KH1.pdb
echo "outchord"
outchord
echo $outchord
pdb_chord.svg
echo "outheat"
outheat
echo $outheat
pdb_heatmap.svg

SCRIPTPATH="$( cd "$(dirname "$0")" >/dev/null 2>&1 ; pwd -P )"

# Generate DSSP file and check for errors
perl $SCRIPTPATH/visuals/dssp.pl $inpdb > pdb.dssp.tmp
python3 $SCRIPTPATH/visuals/fix-dssp.py $inpdb pdb.dssp.tmp > pdb.dssp
python3 $SCRIPTPATH/visuals/check-dssp-errors.py $inpdb pdb.dssp

# Generate chord diagram for PDB
python3 $SCRIPTPATH/visuals/pdb2cbmap.py $inpdb pdb.npy
{131: 'N', 132: 'T', 133: 'T', 134: 'E', 135: 'C', 136: 'V', 137: 'P', 138: 'V', 139: 'P', 140: 'S', 141: 'S', 142: 'E', 143: 'H', 144: 'V', 145: 'A', 146: 'E', 147: 'I', 148: 'V', 149: 'G', 150: 'R', 151: 'Q', 152: 'G', 153: 'C', 154: 'K', 155: 'I', 156: 'K', 157: 'A', 158: 'L', 159: 'R', 160: 'A', 161: 'K', 162: 'T', 163: 'N', 164: 'T', 165: 'Y', 166: 'I', 167: 'K', 168: 'T', 169: 'P', 170: 'V', 171: 'R', 172: 'G', 173: 'E', 174: 'E', 175: 'P', 176: 'V', 177: 'F', 178: 'M', 179: 'V', 180: 'T', 181: 'G', 182: 'R', 183: 'R', 184: 'E', 185: 'D', 186: 'V', 187: 'A', 188: 'A', 189: 'A', 190: 'R', 191: 'R', 192: 'E', 193: 'I', 194: 'I', 195: 'S', 196: 'A', 197: 'A', 198: 'E', 199: 'H', 200: 'F', 201: 'S', 202: 'M', 203: 'I', 204: 'R', 205: 'A'}
Warning! residue not defined for rnum = 1
{131: 'N', 132: 'T', 133: 'T', 134: 'E', 135: 'C', 136: 'V', 137: 'P', 138: 'V', 139: 'P', 140: 'S', 141: 'S', 142: 'E', 143: 'H', 144: 'V', 145: 'A', 146: 'E', 147: 'I', 148: 'V', 149: 'G', 150: 'R', 151: 'Q', 152: 'G', 153: 'C', 154: 'K', 155: 'I', 156: 'K', 157: 'A', 158: 'L', 159: 'R', 160: 'A', 161: 'K', 162: 'T', 163: 'N', 164: 'T', 165: 'Y', 166: 'I', 167: 'K', 168: 'T', 169: 'P', 170: 'V', 171: 'R', 172: 'G', 173: 'E', 174: 'E', 175: 'P', 176: 'V', 177: 'F', 178: 'M', 179: 'V', 180: 'T', 181: 'G', 182: 'R', 183: 'R', 184: 'E', 185: 'D', 186: 'V', 187: 'A', 188: 'A', 189: 'A', 190: 'R', 191: 'R', 192: 'E', 193: 'I', 194: 'I', 195: 'S', 196: 'A', 197: 'A', 198: 'E', 199: 'H', 200: 'F', 201: 'S', 202: 'M', 203: 'I', 204: 'R', 205: 'A'}
Warning! residue not defined for rnum = 2
{131: 'N', 132: 'T', 133: 'T', 134: 'E', 135: 'C', 136: 'V', 137: 'P', 138: 'V', 139: 'P', 140: 'S', 141: 'S', 142: 'E', 143: 'H', 144: 'V', 145: 'A', 146: 'E', 147: 'I', 148: 'V', 149: 'G', 150: 'R', 151: 'Q', 152: 'G', 153: 'C', 154: 'K', 155: 'I', 156: 'K', 157: 'A', 158: 'L', 159: 'R', 160: 'A', 161: 'K', 162: 'T', 163: 'N', 164: 'T', 165: 'Y', 166: 'I', 167: 'K', 168: 'T', 169: 'P', 170: 'V', 171: 'R', 172: 'G', 173: 'E', 174: 'E', 175: 'P', 176: 'V', 177: 'F', 178: 'M', 179: 'V', 180: 'T', 181: 'G', 182: 'R', 183: 'R', 184: 'E', 185: 'D', 186: 'V', 187: 'A', 188: 'A', 189: 'A', 190: 'R', 191: 'R', 192: 'E', 193: 'I', 194: 'I', 195: 'S', 196: 'A', 197: 'A', 198: 'E', 199: 'H', 200: 'F', 201: 'S', 202: 'M', 203: 'I', 204: 'R', 205: 'A'}
Warning! residue not defined for rnum = 3
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Warning! residue not defined for rnum = 4
{131: 'N', 132: 'T', 133: 'T', 134: 'E', 135: 'C', 136: 'V', 137: 'P', 138: 'V', 139: 'P', 140: 'S', 141: 'S', 142: 'E', 143: 'H', 144: 'V', 145: 'A', 146: 'E', 147: 'I', 148: 'V', 149: 'G', 150: 'R', 151: 'Q', 152: 'G', 153: 'C', 154: 'K', 155: 'I', 156: 'K', 157: 'A', 158: 'L', 159: 'R', 160: 'A', 161: 'K', 162: 'T', 163: 'N', 164: 'T', 165: 'Y', 166: 'I', 167: 'K', 168: 'T', 169: 'P', 170: 'V', 171: 'R', 172: 'G', 173: 'E', 174: 'E', 175: 'P', 176: 'V', 177: 'F', 178: 'M', 179: 'V', 180: 'T', 181: 'G', 182: 'R', 183: 'R', 184: 'E', 185: 'D', 186: 'V', 187: 'A', 188: 'A', 189: 'A', 190: 'R', 191: 'R', 192: 'E', 193: 'I', 194: 'I', 195: 'S', 196: 'A', 197: 'A', 198: 'E', 199: 'H', 200: 'F', 201: 'S', 202: 'M', 203: 'I', 204: 'R', 205: 'A'}
Warning! residue not defined for rnum = 5
{131: 'N', 132: 'T', 133: 'T', 134: 'E', 135: 'C', 136: 'V', 137: 'P', 138: 'V', 139: 'P', 140: 'S', 141: 'S', 142: 'E', 143: 'H', 144: 'V', 145: 'A', 146: 'E', 147: 'I', 148: 'V', 149: 'G', 150: 'R', 151: 'Q', 152: 'G', 153: 'C', 154: 'K', 155: 'I', 156: 'K', 157: 'A', 158: 'L', 159: 'R', 160: 'A', 161: 'K', 162: 'T', 163: 'N', 164: 'T', 165: 'Y', 166: 'I', 167: 'K', 168: 'T', 169: 'P', 170: 'V', 171: 'R', 172: 'G', 173: 'E', 174: 'E', 175: 'P', 176: 'V', 177: 'F', 178: 'M', 179: 'V', 180: 'T', 181: 'G', 182: 'R', 183: 'R', 184: 'E', 185: 'D', 186: 'V', 187: 'A', 188: 'A', 189: 'A', 190: 'R', 191: 'R', 192: 'E', 193: 'I', 194: 'I', 195: 'S', 196: 'A', 197: 'A', 198: 'E', 199: 'H', 200: 'F', 201: 'S', 202: 'M', 203: 'I', 204: 'R', 205: 'A'}
Warning! residue not defined for rnum = 6
{131: 'N', 132: 'T', 133: 'T', 134: 'E', 135: 'C', 136: 'V', 137: 'P', 138: 'V', 139: 'P', 140: 'S', 141: 'S', 142: 'E', 143: 'H', 144: 'V', 145: 'A', 146: 'E', 147: 'I', 148: 'V', 149: 'G', 150: 'R', 151: 'Q', 152: 'G', 153: 'C', 154: 'K', 155: 'I', 156: 'K', 157: 'A', 158: 'L', 159: 'R', 160: 'A', 161: 'K', 162: 'T', 163: 'N', 164: 'T', 165: 'Y', 166: 'I', 167: 'K', 168: 'T', 169: 'P', 170: 'V', 171: 'R', 172: 'G', 173: 'E', 174: 'E', 175: 'P', 176: 'V', 177: 'F', 178: 'M', 179: 'V', 180: 'T', 181: 'G', 182: 'R', 183: 'R', 184: 'E', 185: 'D', 186: 'V', 187: 'A', 188: 'A', 189: 'A', 190: 'R', 191: 'R', 192: 'E', 193: 'I', 194: 'I', 195: 'S', 196: 'A', 197: 'A', 198: 'E', 199: 'H', 200: 'F', 201: 'S', 202: 'M', 203: 'I', 204: 'R', 205: 'A'}
Warning! residue not defined for rnum = 7
{131: 'N', 132: 'T', 133: 'T', 134: 'E', 135: 'C', 136: 'V', 137: 'P', 138: 'V', 139: 'P', 140: 'S', 141: 'S', 142: 'E', 143: 'H', 144: 'V', 145: 'A', 146: 'E', 147: 'I', 148: 'V', 149: 'G', 150: 'R', 151: 'Q', 152: 'G', 153: 'C', 154: 'K', 155: 'I', 156: 'K', 157: 'A', 158: 'L', 159: 'R', 160: 'A', 161: 'K', 162: 'T', 163: 'N', 164: 'T', 165: 'Y', 166: 'I', 167: 'K', 168: 'T', 169: 'P', 170: 'V', 171: 'R', 172: 'G', 173: 'E', 174: 'E', 175: 'P', 176: 'V', 177: 'F', 178: 'M', 179: 'V', 180: 'T', 181: 'G', 182: 'R', 183: 'R', 184: 'E', 185: 'D', 186: 'V', 187: 'A', 188: 'A', 189: 'A', 190: 'R', 191: 'R', 192: 'E', 193: 'I', 194: 'I', 195: 'S', 196: 'A', 197: 'A', 198: 'E', 199: 'H', 200: 'F', 201: 'S', 202: 'M', 203: 'I', 204: 'R', 205: 'A'}
Warning! residue not defined for rnum = 8
{131: 'N', 132: 'T', 133: 'T', 134: 'E', 135: 'C', 136: 'V', 137: 'P', 138: 'V', 139: 'P', 140: 'S', 141: 'S', 142: 'E', 143: 'H', 144: 'V', 145: 'A', 146: 'E', 147: 'I', 148: 'V', 149: 'G', 150: 'R', 151: 'Q', 152: 'G', 153: 'C', 154: 'K', 155: 'I', 156: 'K', 157: 'A', 158: 'L', 159: 'R', 160: 'A', 161: 'K', 162: 'T', 163: 'N', 164: 'T', 165: 'Y', 166: 'I', 167: 'K', 168: 'T', 169: 'P', 170: 'V', 171: 'R', 172: 'G', 173: 'E', 174: 'E', 175: 'P', 176: 'V', 177: 'F', 178: 'M', 179: 'V', 180: 'T', 181: 'G', 182: 'R', 183: 'R', 184: 'E', 185: 'D', 186: 'V', 187: 'A', 188: 'A', 189: 'A', 190: 'R', 191: 'R', 192: 'E', 193: 'I', 194: 'I', 195: 'S', 196: 'A', 197: 'A', 198: 'E', 199: 'H', 200: 'F', 201: 'S', 202: 'M', 203: 'I', 204: 'R', 205: 'A'}
Warning! residue not defined for rnum = 9
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Warning! residue not defined for rnum = 10
{131: 'N', 132: 'T', 133: 'T', 134: 'E', 135: 'C', 136: 'V', 137: 'P', 138: 'V', 139: 'P', 140: 'S', 141: 'S', 142: 'E', 143: 'H', 144: 'V', 145: 'A', 146: 'E', 147: 'I', 148: 'V', 149: 'G', 150: 'R', 151: 'Q', 152: 'G', 153: 'C', 154: 'K', 155: 'I', 156: 'K', 157: 'A', 158: 'L', 159: 'R', 160: 'A', 161: 'K', 162: 'T', 163: 'N', 164: 'T', 165: 'Y', 166: 'I', 167: 'K', 168: 'T', 169: 'P', 170: 'V', 171: 'R', 172: 'G', 173: 'E', 174: 'E', 175: 'P', 176: 'V', 177: 'F', 178: 'M', 179: 'V', 180: 'T', 181: 'G', 182: 'R', 183: 'R', 184: 'E', 185: 'D', 186: 'V', 187: 'A', 188: 'A', 189: 'A', 190: 'R', 191: 'R', 192: 'E', 193: 'I', 194: 'I', 195: 'S', 196: 'A', 197: 'A', 198: 'E', 199: 'H', 200: 'F', 201: 'S', 202: 'M', 203: 'I', 204: 'R', 205: 'A'}
Warning! residue not defined for rnum = 11
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Warning! Something went wrong - len of cbxyz != seqlen!! 75 205
python3 $SCRIPTPATH/visuals/residue-index.py pdb.npy index.png
Matplotlib created a temporary config/cache directory at /tmp/matplotlib-jq5_k055 because the default path (/usr/share/httpd/.cache/matplotlib) is not a writable directory; it is highly recommended to set the MPLCONFIGDIR environment variable to a writable directory, in particular to speed up the import of Matplotlib and to better support multiprocessing.
python3 $SCRIPTPATH/visuals/dmap2chord.py pdb.npy $outchord pdb.dssp
Matplotlib created a temporary config/cache directory at /tmp/matplotlib-mohcd6i5 because the default path (/usr/share/httpd/.cache/matplotlib) is not a writable directory; it is highly recommended to set the MPLCONFIGDIR environment variable to a writable directory, in particular to speed up the import of Matplotlib and to better support multiprocessing.
# Generate heatmap (PDB only)
python3 $SCRIPTPATH/visuals/heatmaps.py -n pdb.npy -o $outheat -s pdb.dssp
Matplotlib created a temporary config/cache directory at /tmp/matplotlib-cobpucct because the default path (/usr/share/httpd/.cache/matplotlib) is not a writable directory; it is highly recommended to set the MPLCONFIGDIR environment variable to a writable directory, in particular to speed up the import of Matplotlib and to better support multiprocessing.
/var/www/html/disteval/scripts/visuals/heatmaps.py:163: RuntimeWarning: invalid value encountered in greater
  true_cb_map[true_cb_map > 20] = 20
/var/www/html/disteval/scripts/visuals/heatmaps.py:164: RuntimeWarning: invalid value encountered in less
  true_cb_map[true_cb_map < 3.5] = 3.5
Namespace(dsspfile='pdb.dssp', outsvg='pdb_heatmap.svg', prednpyfile=None, truenpyfile='pdb.npy')
ticks: left, bottom
Done

if [[ $colorscheme == "default" ]]; then
	python3 $SCRIPTPATH/visuals/heatmaps.py -n pdb.npy -o $outheat -s pdb.dssp
else
	echo "Using non-default coloring scheme.."
	python3 $SCRIPTPATH/visuals/heatmaps-integration-jamie.py -n pdb.npy -o $outheat -s pdb.dssp -c $colorscheme
fi
Matplotlib created a temporary config/cache directory at /tmp/matplotlib-74orabra because the default path (/usr/share/httpd/.cache/matplotlib) is not a writable directory; it is highly recommended to set the MPLCONFIGDIR environment variable to a writable directory, in particular to speed up the import of Matplotlib and to better support multiprocessing.
/var/www/html/disteval/scripts/visuals/heatmaps.py:163: RuntimeWarning: invalid value encountered in greater
  true_cb_map[true_cb_map > 20] = 20
/var/www/html/disteval/scripts/visuals/heatmaps.py:164: RuntimeWarning: invalid value encountered in less
  true_cb_map[true_cb_map < 3.5] = 3.5
Namespace(dsspfile='pdb.dssp', outsvg='pdb_heatmap.svg', prednpyfile=None, truenpyfile='pdb.npy')
ticks: left, bottom
Done