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outchord=$2
outheat=$3
colorscheme=$4

echo "inpdb"
inpdb
echo $inpdb
/var/www/html/disteval/static/working/02-Apr-2025-10-50-57/Mex3c_KH1_5www.pdb
echo "outchord"
outchord
echo $outchord
pdb_chord.svg
echo "outheat"
outheat
echo $outheat
pdb_heatmap.svg

SCRIPTPATH="$( cd "$(dirname "$0")" >/dev/null 2>&1 ; pwd -P )"

# Generate DSSP file and check for errors
perl $SCRIPTPATH/visuals/dssp.pl $inpdb > pdb.dssp.tmp
python3 $SCRIPTPATH/visuals/fix-dssp.py $inpdb pdb.dssp.tmp > pdb.dssp
python3 $SCRIPTPATH/visuals/check-dssp-errors.py $inpdb pdb.dssp

# Generate chord diagram for PDB
python3 $SCRIPTPATH/visuals/pdb2cbmap.py $inpdb pdb.npy
{213: 'G', 214: 'H', 215: 'H', 216: 'H', 217: 'H', 218: 'H', 219: 'H', 220: 'M', 221: 'Q', 222: 'A', 223: 'A', 224: 'L', 225: 'L', 226: 'R', 227: 'R', 228: 'K', 229: 'S', 230: 'V', 231: 'N', 232: 'T', 233: 'T', 234: 'E', 235: 'C', 236: 'V', 237: 'P', 238: 'V', 239: 'P', 240: 'S', 241: 'S', 242: 'E', 243: 'H', 244: 'V', 245: 'A', 246: 'E', 247: 'I', 248: 'V', 249: 'G', 250: 'R', 251: 'Q', 252: 'G', 253: 'C', 254: 'K', 255: 'I', 256: 'K', 257: 'A', 258: 'L', 259: 'R', 260: 'A', 261: 'K', 262: 'T', 263: 'N', 264: 'T', 265: 'Y', 266: 'I', 267: 'K', 268: 'T', 269: 'P', 270: 'V', 271: 'R', 272: 'G', 273: 'E', 274: 'E', 275: 'P', 276: 'I', 277: 'F', 278: 'V', 279: 'V', 280: 'T', 281: 'G', 282: 'R', 283: 'K', 284: 'E', 285: 'D', 286: 'V', 287: 'A', 288: 'M', 289: 'A', 290: 'K', 291: 'R', 292: 'E', 293: 'I', 294: 'L', 295: 'S', 296: 'A', 297: 'A', 298: 'E', 299: 'H', 300: 'F', 301: 'S', 302: 'M', 303: 'I', 304: 'R', 305: 'A', 306: 'S'}
Warning! residue not defined for rnum = 1
{213: 'G', 214: 'H', 215: 'H', 216: 'H', 217: 'H', 218: 'H', 219: 'H', 220: 'M', 221: 'Q', 222: 'A', 223: 'A', 224: 'L', 225: 'L', 226: 'R', 227: 'R', 228: 'K', 229: 'S', 230: 'V', 231: 'N', 232: 'T', 233: 'T', 234: 'E', 235: 'C', 236: 'V', 237: 'P', 238: 'V', 239: 'P', 240: 'S', 241: 'S', 242: 'E', 243: 'H', 244: 'V', 245: 'A', 246: 'E', 247: 'I', 248: 'V', 249: 'G', 250: 'R', 251: 'Q', 252: 'G', 253: 'C', 254: 'K', 255: 'I', 256: 'K', 257: 'A', 258: 'L', 259: 'R', 260: 'A', 261: 'K', 262: 'T', 263: 'N', 264: 'T', 265: 'Y', 266: 'I', 267: 'K', 268: 'T', 269: 'P', 270: 'V', 271: 'R', 272: 'G', 273: 'E', 274: 'E', 275: 'P', 276: 'I', 277: 'F', 278: 'V', 279: 'V', 280: 'T', 281: 'G', 282: 'R', 283: 'K', 284: 'E', 285: 'D', 286: 'V', 287: 'A', 288: 'M', 289: 'A', 290: 'K', 291: 'R', 292: 'E', 293: 'I', 294: 'L', 295: 'S', 296: 'A', 297: 'A', 298: 'E', 299: 'H', 300: 'F', 301: 'S', 302: 'M', 303: 'I', 304: 'R', 305: 'A', 306: 'S'}
Warning! residue not defined for rnum = 2
{213: 'G', 214: 'H', 215: 'H', 216: 'H', 217: 'H', 218: 'H', 219: 'H', 220: 'M', 221: 'Q', 222: 'A', 223: 'A', 224: 'L', 225: 'L', 226: 'R', 227: 'R', 228: 'K', 229: 'S', 230: 'V', 231: 'N', 232: 'T', 233: 'T', 234: 'E', 235: 'C', 236: 'V', 237: 'P', 238: 'V', 239: 'P', 240: 'S', 241: 'S', 242: 'E', 243: 'H', 244: 'V', 245: 'A', 246: 'E', 247: 'I', 248: 'V', 249: 'G', 250: 'R', 251: 'Q', 252: 'G', 253: 'C', 254: 'K', 255: 'I', 256: 'K', 257: 'A', 258: 'L', 259: 'R', 260: 'A', 261: 'K', 262: 'T', 263: 'N', 264: 'T', 265: 'Y', 266: 'I', 267: 'K', 268: 'T', 269: 'P', 270: 'V', 271: 'R', 272: 'G', 273: 'E', 274: 'E', 275: 'P', 276: 'I', 277: 'F', 278: 'V', 279: 'V', 280: 'T', 281: 'G', 282: 'R', 283: 'K', 284: 'E', 285: 'D', 286: 'V', 287: 'A', 288: 'M', 289: 'A', 290: 'K', 291: 'R', 292: 'E', 293: 'I', 294: 'L', 295: 'S', 296: 'A', 297: 'A', 298: 'E', 299: 'H', 300: 'F', 301: 'S', 302: 'M', 303: 'I', 304: 'R', 305: 'A', 306: 'S'}
Warning! residue not defined for rnum = 3
{213: 'G', 214: 'H', 215: 'H', 216: 'H', 217: 'H', 218: 'H', 219: 'H', 220: 'M', 221: 'Q', 222: 'A', 223: 'A', 224: 'L', 225: 'L', 226: 'R', 227: 'R', 228: 'K', 229: 'S', 230: 'V', 231: 'N', 232: 'T', 233: 'T', 234: 'E', 235: 'C', 236: 'V', 237: 'P', 238: 'V', 239: 'P', 240: 'S', 241: 'S', 242: 'E', 243: 'H', 244: 'V', 245: 'A', 246: 'E', 247: 'I', 248: 'V', 249: 'G', 250: 'R', 251: 'Q', 252: 'G', 253: 'C', 254: 'K', 255: 'I', 256: 'K', 257: 'A', 258: 'L', 259: 'R', 260: 'A', 261: 'K', 262: 'T', 263: 'N', 264: 'T', 265: 'Y', 266: 'I', 267: 'K', 268: 'T', 269: 'P', 270: 'V', 271: 'R', 272: 'G', 273: 'E', 274: 'E', 275: 'P', 276: 'I', 277: 'F', 278: 'V', 279: 'V', 280: 'T', 281: 'G', 282: 'R', 283: 'K', 284: 'E', 285: 'D', 286: 'V', 287: 'A', 288: 'M', 289: 'A', 290: 'K', 291: 'R', 292: 'E', 293: 'I', 294: 'L', 295: 'S', 296: 'A', 297: 'A', 298: 'E', 299: 'H', 300: 'F', 301: 'S', 302: 'M', 303: 'I', 304: 'R', 305: 'A', 306: 'S'}
Warning! residue not defined for rnum = 4
{213: 'G', 214: 'H', 215: 'H', 216: 'H', 217: 'H', 218: 'H', 219: 'H', 220: 'M', 221: 'Q', 222: 'A', 223: 'A', 224: 'L', 225: 'L', 226: 'R', 227: 'R', 228: 'K', 229: 'S', 230: 'V', 231: 'N', 232: 'T', 233: 'T', 234: 'E', 235: 'C', 236: 'V', 237: 'P', 238: 'V', 239: 'P', 240: 'S', 241: 'S', 242: 'E', 243: 'H', 244: 'V', 245: 'A', 246: 'E', 247: 'I', 248: 'V', 249: 'G', 250: 'R', 251: 'Q', 252: 'G', 253: 'C', 254: 'K', 255: 'I', 256: 'K', 257: 'A', 258: 'L', 259: 'R', 260: 'A', 261: 'K', 262: 'T', 263: 'N', 264: 'T', 265: 'Y', 266: 'I', 267: 'K', 268: 'T', 269: 'P', 270: 'V', 271: 'R', 272: 'G', 273: 'E', 274: 'E', 275: 'P', 276: 'I', 277: 'F', 278: 'V', 279: 'V', 280: 'T', 281: 'G', 282: 'R', 283: 'K', 284: 'E', 285: 'D', 286: 'V', 287: 'A', 288: 'M', 289: 'A', 290: 'K', 291: 'R', 292: 'E', 293: 'I', 294: 'L', 295: 'S', 296: 'A', 297: 'A', 298: 'E', 299: 'H', 300: 'F', 301: 'S', 302: 'M', 303: 'I', 304: 'R', 305: 'A', 306: 'S'}
Warning! residue not defined for rnum = 5
{213: 'G', 214: 'H', 215: 'H', 216: 'H', 217: 'H', 218: 'H', 219: 'H', 220: 'M', 221: 'Q', 222: 'A', 223: 'A', 224: 'L', 225: 'L', 226: 'R', 227: 'R', 228: 'K', 229: 'S', 230: 'V', 231: 'N', 232: 'T', 233: 'T', 234: 'E', 235: 'C', 236: 'V', 237: 'P', 238: 'V', 239: 'P', 240: 'S', 241: 'S', 242: 'E', 243: 'H', 244: 'V', 245: 'A', 246: 'E', 247: 'I', 248: 'V', 249: 'G', 250: 'R', 251: 'Q', 252: 'G', 253: 'C', 254: 'K', 255: 'I', 256: 'K', 257: 'A', 258: 'L', 259: 'R', 260: 'A', 261: 'K', 262: 'T', 263: 'N', 264: 'T', 265: 'Y', 266: 'I', 267: 'K', 268: 'T', 269: 'P', 270: 'V', 271: 'R', 272: 'G', 273: 'E', 274: 'E', 275: 'P', 276: 'I', 277: 'F', 278: 'V', 279: 'V', 280: 'T', 281: 'G', 282: 'R', 283: 'K', 284: 'E', 285: 'D', 286: 'V', 287: 'A', 288: 'M', 289: 'A', 290: 'K', 291: 'R', 292: 'E', 293: 'I', 294: 'L', 295: 'S', 296: 'A', 297: 'A', 298: 'E', 299: 'H', 300: 'F', 301: 'S', 302: 'M', 303: 'I', 304: 'R', 305: 'A', 306: 'S'}
Warning! residue not defined for rnum = 6
{213: 'G', 214: 'H', 215: 'H', 216: 'H', 217: 'H', 218: 'H', 219: 'H', 220: 'M', 221: 'Q', 222: 'A', 223: 'A', 224: 'L', 225: 'L', 226: 'R', 227: 'R', 228: 'K', 229: 'S', 230: 'V', 231: 'N', 232: 'T', 233: 'T', 234: 'E', 235: 'C', 236: 'V', 237: 'P', 238: 'V', 239: 'P', 240: 'S', 241: 'S', 242: 'E', 243: 'H', 244: 'V', 245: 'A', 246: 'E', 247: 'I', 248: 'V', 249: 'G', 250: 'R', 251: 'Q', 252: 'G', 253: 'C', 254: 'K', 255: 'I', 256: 'K', 257: 'A', 258: 'L', 259: 'R', 260: 'A', 261: 'K', 262: 'T', 263: 'N', 264: 'T', 265: 'Y', 266: 'I', 267: 'K', 268: 'T', 269: 'P', 270: 'V', 271: 'R', 272: 'G', 273: 'E', 274: 'E', 275: 'P', 276: 'I', 277: 'F', 278: 'V', 279: 'V', 280: 'T', 281: 'G', 282: 'R', 283: 'K', 284: 'E', 285: 'D', 286: 'V', 287: 'A', 288: 'M', 289: 'A', 290: 'K', 291: 'R', 292: 'E', 293: 'I', 294: 'L', 295: 'S', 296: 'A', 297: 'A', 298: 'E', 299: 'H', 300: 'F', 301: 'S', 302: 'M', 303: 'I', 304: 'R', 305: 'A', 306: 'S'}
Warning! residue not defined for rnum = 7
{213: 'G', 214: 'H', 215: 'H', 216: 'H', 217: 'H', 218: 'H', 219: 'H', 220: 'M', 221: 'Q', 222: 'A', 223: 'A', 224: 'L', 225: 'L', 226: 'R', 227: 'R', 228: 'K', 229: 'S', 230: 'V', 231: 'N', 232: 'T', 233: 'T', 234: 'E', 235: 'C', 236: 'V', 237: 'P', 238: 'V', 239: 'P', 240: 'S', 241: 'S', 242: 'E', 243: 'H', 244: 'V', 245: 'A', 246: 'E', 247: 'I', 248: 'V', 249: 'G', 250: 'R', 251: 'Q', 252: 'G', 253: 'C', 254: 'K', 255: 'I', 256: 'K', 257: 'A', 258: 'L', 259: 'R', 260: 'A', 261: 'K', 262: 'T', 263: 'N', 264: 'T', 265: 'Y', 266: 'I', 267: 'K', 268: 'T', 269: 'P', 270: 'V', 271: 'R', 272: 'G', 273: 'E', 274: 'E', 275: 'P', 276: 'I', 277: 'F', 278: 'V', 279: 'V', 280: 'T', 281: 'G', 282: 'R', 283: 'K', 284: 'E', 285: 'D', 286: 'V', 287: 'A', 288: 'M', 289: 'A', 290: 'K', 291: 'R', 292: 'E', 293: 'I', 294: 'L', 295: 'S', 296: 'A', 297: 'A', 298: 'E', 299: 'H', 300: 'F', 301: 'S', 302: 'M', 303: 'I', 304: 'R', 305: 'A', 306: 'S'}
Warning! residue not defined for rnum = 8
{213: 'G', 214: 'H', 215: 'H', 216: 'H', 217: 'H', 218: 'H', 219: 'H', 220: 'M', 221: 'Q', 222: 'A', 223: 'A', 224: 'L', 225: 'L', 226: 'R', 227: 'R', 228: 'K', 229: 'S', 230: 'V', 231: 'N', 232: 'T', 233: 'T', 234: 'E', 235: 'C', 236: 'V', 237: 'P', 238: 'V', 239: 'P', 240: 'S', 241: 'S', 242: 'E', 243: 'H', 244: 'V', 245: 'A', 246: 'E', 247: 'I', 248: 'V', 249: 'G', 250: 'R', 251: 'Q', 252: 'G', 253: 'C', 254: 'K', 255: 'I', 256: 'K', 257: 'A', 258: 'L', 259: 'R', 260: 'A', 261: 'K', 262: 'T', 263: 'N', 264: 'T', 265: 'Y', 266: 'I', 267: 'K', 268: 'T', 269: 'P', 270: 'V', 271: 'R', 272: 'G', 273: 'E', 274: 'E', 275: 'P', 276: 'I', 277: 'F', 278: 'V', 279: 'V', 280: 'T', 281: 'G', 282: 'R', 283: 'K', 284: 'E', 285: 'D', 286: 'V', 287: 'A', 288: 'M', 289: 'A', 290: 'K', 291: 'R', 292: 'E', 293: 'I', 294: 'L', 295: 'S', 296: 'A', 297: 'A', 298: 'E', 299: 'H', 300: 'F', 301: 'S', 302: 'M', 303: 'I', 304: 'R', 305: 'A', 306: 'S'}
Warning! residue not defined for rnum = 9
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{213: 'G', 214: 'H', 215: 'H', 216: 'H', 217: 'H', 218: 'H', 219: 'H', 220: 'M', 221: 'Q', 222: 'A', 223: 'A', 224: 'L', 225: 'L', 226: 'R', 227: 'R', 228: 'K', 229: 'S', 230: 'V', 231: 'N', 232: 'T', 233: 'T', 234: 'E', 235: 'C', 236: 'V', 237: 'P', 238: 'V', 239: 'P', 240: 'S', 241: 'S', 242: 'E', 243: 'H', 244: 'V', 245: 'A', 246: 'E', 247: 'I', 248: 'V', 249: 'G', 250: 'R', 251: 'Q', 252: 'G', 253: 'C', 254: 'K', 255: 'I', 256: 'K', 257: 'A', 258: 'L', 259: 'R', 260: 'A', 261: 'K', 262: 'T', 263: 'N', 264: 'T', 265: 'Y', 266: 'I', 267: 'K', 268: 'T', 269: 'P', 270: 'V', 271: 'R', 272: 'G', 273: 'E', 274: 'E', 275: 'P', 276: 'I', 277: 'F', 278: 'V', 279: 'V', 280: 'T', 281: 'G', 282: 'R', 283: 'K', 284: 'E', 285: 'D', 286: 'V', 287: 'A', 288: 'M', 289: 'A', 290: 'K', 291: 'R', 292: 'E', 293: 'I', 294: 'L', 295: 'S', 296: 'A', 297: 'A', 298: 'E', 299: 'H', 300: 'F', 301: 'S', 302: 'M', 303: 'I', 304: 'R', 305: 'A', 306: 'S'}
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{213: 'G', 214: 'H', 215: 'H', 216: 'H', 217: 'H', 218: 'H', 219: 'H', 220: 'M', 221: 'Q', 222: 'A', 223: 'A', 224: 'L', 225: 'L', 226: 'R', 227: 'R', 228: 'K', 229: 'S', 230: 'V', 231: 'N', 232: 'T', 233: 'T', 234: 'E', 235: 'C', 236: 'V', 237: 'P', 238: 'V', 239: 'P', 240: 'S', 241: 'S', 242: 'E', 243: 'H', 244: 'V', 245: 'A', 246: 'E', 247: 'I', 248: 'V', 249: 'G', 250: 'R', 251: 'Q', 252: 'G', 253: 'C', 254: 'K', 255: 'I', 256: 'K', 257: 'A', 258: 'L', 259: 'R', 260: 'A', 261: 'K', 262: 'T', 263: 'N', 264: 'T', 265: 'Y', 266: 'I', 267: 'K', 268: 'T', 269: 'P', 270: 'V', 271: 'R', 272: 'G', 273: 'E', 274: 'E', 275: 'P', 276: 'I', 277: 'F', 278: 'V', 279: 'V', 280: 'T', 281: 'G', 282: 'R', 283: 'K', 284: 'E', 285: 'D', 286: 'V', 287: 'A', 288: 'M', 289: 'A', 290: 'K', 291: 'R', 292: 'E', 293: 'I', 294: 'L', 295: 'S', 296: 'A', 297: 'A', 298: 'E', 299: 'H', 300: 'F', 301: 'S', 302: 'M', 303: 'I', 304: 'R', 305: 'A', 306: 'S'}
Warning! residue not defined for rnum = 209
{213: 'G', 214: 'H', 215: 'H', 216: 'H', 217: 'H', 218: 'H', 219: 'H', 220: 'M', 221: 'Q', 222: 'A', 223: 'A', 224: 'L', 225: 'L', 226: 'R', 227: 'R', 228: 'K', 229: 'S', 230: 'V', 231: 'N', 232: 'T', 233: 'T', 234: 'E', 235: 'C', 236: 'V', 237: 'P', 238: 'V', 239: 'P', 240: 'S', 241: 'S', 242: 'E', 243: 'H', 244: 'V', 245: 'A', 246: 'E', 247: 'I', 248: 'V', 249: 'G', 250: 'R', 251: 'Q', 252: 'G', 253: 'C', 254: 'K', 255: 'I', 256: 'K', 257: 'A', 258: 'L', 259: 'R', 260: 'A', 261: 'K', 262: 'T', 263: 'N', 264: 'T', 265: 'Y', 266: 'I', 267: 'K', 268: 'T', 269: 'P', 270: 'V', 271: 'R', 272: 'G', 273: 'E', 274: 'E', 275: 'P', 276: 'I', 277: 'F', 278: 'V', 279: 'V', 280: 'T', 281: 'G', 282: 'R', 283: 'K', 284: 'E', 285: 'D', 286: 'V', 287: 'A', 288: 'M', 289: 'A', 290: 'K', 291: 'R', 292: 'E', 293: 'I', 294: 'L', 295: 'S', 296: 'A', 297: 'A', 298: 'E', 299: 'H', 300: 'F', 301: 'S', 302: 'M', 303: 'I', 304: 'R', 305: 'A', 306: 'S'}
Warning! residue not defined for rnum = 210
{213: 'G', 214: 'H', 215: 'H', 216: 'H', 217: 'H', 218: 'H', 219: 'H', 220: 'M', 221: 'Q', 222: 'A', 223: 'A', 224: 'L', 225: 'L', 226: 'R', 227: 'R', 228: 'K', 229: 'S', 230: 'V', 231: 'N', 232: 'T', 233: 'T', 234: 'E', 235: 'C', 236: 'V', 237: 'P', 238: 'V', 239: 'P', 240: 'S', 241: 'S', 242: 'E', 243: 'H', 244: 'V', 245: 'A', 246: 'E', 247: 'I', 248: 'V', 249: 'G', 250: 'R', 251: 'Q', 252: 'G', 253: 'C', 254: 'K', 255: 'I', 256: 'K', 257: 'A', 258: 'L', 259: 'R', 260: 'A', 261: 'K', 262: 'T', 263: 'N', 264: 'T', 265: 'Y', 266: 'I', 267: 'K', 268: 'T', 269: 'P', 270: 'V', 271: 'R', 272: 'G', 273: 'E', 274: 'E', 275: 'P', 276: 'I', 277: 'F', 278: 'V', 279: 'V', 280: 'T', 281: 'G', 282: 'R', 283: 'K', 284: 'E', 285: 'D', 286: 'V', 287: 'A', 288: 'M', 289: 'A', 290: 'K', 291: 'R', 292: 'E', 293: 'I', 294: 'L', 295: 'S', 296: 'A', 297: 'A', 298: 'E', 299: 'H', 300: 'F', 301: 'S', 302: 'M', 303: 'I', 304: 'R', 305: 'A', 306: 'S'}
Warning! residue not defined for rnum = 211
{213: 'G', 214: 'H', 215: 'H', 216: 'H', 217: 'H', 218: 'H', 219: 'H', 220: 'M', 221: 'Q', 222: 'A', 223: 'A', 224: 'L', 225: 'L', 226: 'R', 227: 'R', 228: 'K', 229: 'S', 230: 'V', 231: 'N', 232: 'T', 233: 'T', 234: 'E', 235: 'C', 236: 'V', 237: 'P', 238: 'V', 239: 'P', 240: 'S', 241: 'S', 242: 'E', 243: 'H', 244: 'V', 245: 'A', 246: 'E', 247: 'I', 248: 'V', 249: 'G', 250: 'R', 251: 'Q', 252: 'G', 253: 'C', 254: 'K', 255: 'I', 256: 'K', 257: 'A', 258: 'L', 259: 'R', 260: 'A', 261: 'K', 262: 'T', 263: 'N', 264: 'T', 265: 'Y', 266: 'I', 267: 'K', 268: 'T', 269: 'P', 270: 'V', 271: 'R', 272: 'G', 273: 'E', 274: 'E', 275: 'P', 276: 'I', 277: 'F', 278: 'V', 279: 'V', 280: 'T', 281: 'G', 282: 'R', 283: 'K', 284: 'E', 285: 'D', 286: 'V', 287: 'A', 288: 'M', 289: 'A', 290: 'K', 291: 'R', 292: 'E', 293: 'I', 294: 'L', 295: 'S', 296: 'A', 297: 'A', 298: 'E', 299: 'H', 300: 'F', 301: 'S', 302: 'M', 303: 'I', 304: 'R', 305: 'A', 306: 'S'}
Warning! residue not defined for rnum = 212
{213: 'G', 214: 'H', 215: 'H', 216: 'H', 217: 'H', 218: 'H', 219: 'H', 220: 'M', 221: 'Q', 222: 'A', 223: 'A', 224: 'L', 225: 'L', 226: 'R', 227: 'R', 228: 'K', 229: 'S', 230: 'V', 231: 'N', 232: 'T', 233: 'T', 234: 'E', 235: 'C', 236: 'V', 237: 'P', 238: 'V', 239: 'P', 240: 'S', 241: 'S', 242: 'E', 243: 'H', 244: 'V', 245: 'A', 246: 'E', 247: 'I', 248: 'V', 249: 'G', 250: 'R', 251: 'Q', 252: 'G', 253: 'C', 254: 'K', 255: 'I', 256: 'K', 257: 'A', 258: 'L', 259: 'R', 260: 'A', 261: 'K', 262: 'T', 263: 'N', 264: 'T', 265: 'Y', 266: 'I', 267: 'K', 268: 'T', 269: 'P', 270: 'V', 271: 'R', 272: 'G', 273: 'E', 274: 'E', 275: 'P', 276: 'I', 277: 'F', 278: 'V', 279: 'V', 280: 'T', 281: 'G', 282: 'R', 283: 'K', 284: 'E', 285: 'D', 286: 'V', 287: 'A', 288: 'M', 289: 'A', 290: 'K', 291: 'R', 292: 'E', 293: 'I', 294: 'L', 295: 'S', 296: 'A', 297: 'A', 298: 'E', 299: 'H', 300: 'F', 301: 'S', 302: 'M', 303: 'I', 304: 'R', 305: 'A', 306: 'S'}
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python3 $SCRIPTPATH/visuals/residue-index.py pdb.npy index.png
Matplotlib created a temporary config/cache directory at /tmp/matplotlib-amw16eah because the default path (/usr/share/httpd/.cache/matplotlib) is not a writable directory; it is highly recommended to set the MPLCONFIGDIR environment variable to a writable directory, in particular to speed up the import of Matplotlib and to better support multiprocessing.
python3 $SCRIPTPATH/visuals/dmap2chord.py pdb.npy $outchord pdb.dssp
Matplotlib created a temporary config/cache directory at /tmp/matplotlib-a8hylhlr because the default path (/usr/share/httpd/.cache/matplotlib) is not a writable directory; it is highly recommended to set the MPLCONFIGDIR environment variable to a writable directory, in particular to speed up the import of Matplotlib and to better support multiprocessing.
# Generate heatmap (PDB only)
python3 $SCRIPTPATH/visuals/heatmaps.py -n pdb.npy -o $outheat -s pdb.dssp
Matplotlib created a temporary config/cache directory at /tmp/matplotlib-la6bs8vf because the default path (/usr/share/httpd/.cache/matplotlib) is not a writable directory; it is highly recommended to set the MPLCONFIGDIR environment variable to a writable directory, in particular to speed up the import of Matplotlib and to better support multiprocessing.
/var/www/html/disteval/scripts/visuals/heatmaps.py:163: RuntimeWarning: invalid value encountered in greater
  true_cb_map[true_cb_map > 20] = 20
/var/www/html/disteval/scripts/visuals/heatmaps.py:164: RuntimeWarning: invalid value encountered in less
  true_cb_map[true_cb_map < 3.5] = 3.5
Namespace(dsspfile='pdb.dssp', outsvg='pdb_heatmap.svg', prednpyfile=None, truenpyfile='pdb.npy')
ticks: left, bottom
Done

if [[ $colorscheme == "default" ]]; then
	python3 $SCRIPTPATH/visuals/heatmaps.py -n pdb.npy -o $outheat -s pdb.dssp
else
	echo "Using non-default coloring scheme.."
	python3 $SCRIPTPATH/visuals/heatmaps-integration-jamie.py -n pdb.npy -o $outheat -s pdb.dssp -c $colorscheme
fi
Matplotlib created a temporary config/cache directory at /tmp/matplotlib-c2k32f5b because the default path (/usr/share/httpd/.cache/matplotlib) is not a writable directory; it is highly recommended to set the MPLCONFIGDIR environment variable to a writable directory, in particular to speed up the import of Matplotlib and to better support multiprocessing.
/var/www/html/disteval/scripts/visuals/heatmaps.py:163: RuntimeWarning: invalid value encountered in greater
  true_cb_map[true_cb_map > 20] = 20
/var/www/html/disteval/scripts/visuals/heatmaps.py:164: RuntimeWarning: invalid value encountered in less
  true_cb_map[true_cb_map < 3.5] = 3.5
Namespace(dsspfile='pdb.dssp', outsvg='pdb_heatmap.svg', prednpyfile=None, truenpyfile='pdb.npy')
ticks: left, bottom
Done