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outchord=$2
outheat=$3
colorscheme=$4

echo "inpdb"
inpdb
echo $inpdb
/var/www/html/disteval/static/working/02-Apr-2025-10-54-22/T1024.pdb
echo "outchord"
outchord
echo $outchord
pdb_chord.svg
echo "outheat"
outheat
echo $outheat
pdb_heatmap.svg

SCRIPTPATH="$( cd "$(dirname "$0")" >/dev/null 2>&1 ; pwd -P )"

# Generate DSSP file and check for errors
perl $SCRIPTPATH/visuals/dssp.pl $inpdb > pdb.dssp.tmp
python3 $SCRIPTPATH/visuals/fix-dssp.py $inpdb pdb.dssp.tmp > pdb.dssp
python3 $SCRIPTPATH/visuals/check-dssp-errors.py $inpdb pdb.dssp

# Generate chord diagram for PDB
python3 $SCRIPTPATH/visuals/pdb2cbmap.py $inpdb pdb.npy
{2: 'K', 3: 'E', 4: 'F', 5: 'W', 6: 'N', 7: 'L', 8: 'D', 9: 'K', 10: 'N', 11: 'L', 12: 'Q', 13: 'L', 14: 'R', 15: 'L', 16: 'G', 17: 'I', 18: 'V', 19: 'F', 20: 'L', 21: 'G', 22: 'A', 23: 'F', 24: 'S', 25: 'Y', 26: 'G', 27: 'T', 28: 'V', 29: 'F', 30: 'S', 31: 'S', 32: 'M', 33: 'T', 34: 'I', 35: 'Y', 36: 'Y', 37: 'N', 38: 'Q', 39: 'Y', 40: 'L', 41: 'G', 42: 'S', 43: 'A', 44: 'I', 45: 'T', 46: 'G', 47: 'I', 48: 'L', 49: 'L', 50: 'A', 51: 'L', 52: 'S', 53: 'A', 54: 'V', 55: 'A', 56: 'T', 57: 'F', 58: 'V', 59: 'A', 60: 'G', 61: 'I', 62: 'L', 63: 'A', 64: 'G', 65: 'F', 66: 'F', 67: 'A', 68: 'D', 69: 'R', 70: 'N', 71: 'G', 72: 'R', 73: 'K', 74: 'P', 75: 'V', 76: 'M', 77: 'V', 78: 'F', 79: 'G', 80: 'T', 81: 'I', 82: 'I', 83: 'Q', 84: 'L', 85: 'L', 86: 'G', 87: 'A', 88: 'A', 89: 'L', 90: 'A', 91: 'I', 92: 'A', 93: 'S', 94: 'N', 95: 'L', 96: 'P', 97: 'G', 98: 'H', 99: 'V', 100: 'N', 101: 'P', 102: 'W', 103: 'S', 104: 'T', 105: 'F', 106: 'I', 107: 'A', 108: 'F', 109: 'L', 110: 'L', 111: 'I', 112: 'S', 113: 'F', 114: 'G', 115: 'Y', 116: 'N', 117: 'F', 118: 'V', 119: 'I', 120: 'T', 121: 'A', 122: 'G', 123: 'N', 124: 'A', 125: 'M', 126: 'I', 127: 'I', 128: 'D', 129: 'A', 130: 'S', 131: 'N', 132: 'A', 133: 'E', 134: 'N', 135: 'R', 136: 'K', 137: 'V', 138: 'V', 139: 'F', 140: 'M', 141: 'L', 142: 'D', 143: 'Y', 144: 'W', 145: 'A', 146: 'Q', 147: 'N', 148: 'L', 149: 'S', 150: 'V', 151: 'I', 152: 'L', 153: 'G', 154: 'A', 155: 'A', 156: 'L', 157: 'G', 158: 'A', 159: 'W', 160: 'L', 161: 'F', 162: 'R', 163: 'P', 164: 'A', 165: 'F', 166: 'E', 167: 'A', 168: 'L', 169: 'L', 170: 'V', 171: 'I', 172: 'L', 173: 'L', 174: 'L', 175: 'T', 176: 'V', 177: 'L', 178: 'V', 179: 'S', 180: 'F', 181: 'F', 182: 'L', 183: 'T', 184: 'T', 185: 'F', 186: 'V', 187: 'M', 188: 'T', 189: 'E', 190: 'T', 191: 'F', 192: 'K', 193: 'P', 194: 'T', 202: 'D', 203: 'N', 204: 'I', 205: 'F', 206: 'Q', 207: 'A', 208: 'Y', 209: 'K', 210: 'T', 211: 'V', 212: 'L', 213: 'Q', 214: 'D', 215: 'K', 216: 'T', 217: 'Y', 218: 'M', 219: 'I', 220: 'F', 221: 'M', 222: 'G', 223: 'A', 224: 'N', 225: 'I', 226: 'A', 227: 'T', 228: 'T', 229: 'F', 230: 'I', 231: 'I', 232: 'M', 233: 'Q', 234: 'F', 235: 'D', 236: 'N', 237: 'F', 238: 'L', 239: 'P', 240: 'V', 241: 'H', 242: 'L', 243: 'S', 244: 'N', 245: 'S', 246: 'F', 247: 'K', 248: 'T', 249: 'I', 250: 'T', 257: 'Y', 258: 'G', 259: 'Q', 260: 'R', 261: 'M', 262: 'L', 263: 'T', 264: 'I', 265: 'Y', 266: 'L', 267: 'I', 268: 'L', 269: 'A', 270: 'C', 271: 'V', 272: 'L', 273: 'V', 274: 'V', 275: 'L', 276: 'L', 277: 'M', 278: 'T', 279: 'T', 280: 'L', 281: 'N', 282: 'R', 283: 'L', 284: 'T', 285: 'K', 286: 'D', 287: 'W', 288: 'S', 289: 'H', 290: 'Q', 291: 'K', 292: 'G', 293: 'F', 294: 'I', 295: 'W', 296: 'G', 297: 'S', 298: 'L', 299: 'F', 300: 'M', 301: 'A', 302: 'I', 303: 'G', 304: 'M', 305: 'I', 306: 'F', 307: 'S', 308: 'F', 309: 'L', 310: 'T', 311: 'T', 312: 'T', 313: 'F', 314: 'T', 315: 'P', 316: 'I', 317: 'F', 318: 'I', 319: 'A', 320: 'G', 321: 'I', 322: 'V', 323: 'Y', 324: 'T', 325: 'L', 326: 'G', 327: 'E', 328: 'I', 329: 'V', 330: 'Y', 331: 'T', 332: 'P', 333: 'S', 334: 'V', 335: 'Q', 336: 'T', 337: 'L', 338: 'G', 339: 'A', 340: 'D', 341: 'L', 342: 'M', 343: 'N', 344: 'P', 345: 'E', 346: 'K', 347: 'I', 348: 'G', 349: 'S', 350: 'Y', 351: 'N', 352: 'G', 353: 'V', 354: 'A', 355: 'A', 356: 'I', 357: 'K', 358: 'M', 359: 'P', 360: 'I', 361: 'A', 362: 'S', 363: 'I', 364: 'L', 365: 'A', 366: 'G', 367: 'L', 368: 'L', 369: 'V', 370: 'S', 371: 'I', 372: 'S', 373: 'P', 374: 'M', 375: 'I', 376: 'K', 377: 'A', 378: 'I', 379: 'G', 380: 'V', 381: 'S', 382: 'L', 383: 'V', 384: 'L', 385: 'A', 386: 'L', 387: 'T', 388: 'E', 389: 'V', 390: 'L', 391: 'A', 392: 'I', 393: 'I', 394: 'L', 395: 'V', 396: 'L', 397: 'V', 398: 'A', 399: 'V', 400: 'N', 401: 'R', 402: 'H', 403: 'Q', 404: 'K', 405: 'T', 406: 'K'}
Warning! residue not defined for rnum = 1
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{2: 'K', 3: 'E', 4: 'F', 5: 'W', 6: 'N', 7: 'L', 8: 'D', 9: 'K', 10: 'N', 11: 'L', 12: 'Q', 13: 'L', 14: 'R', 15: 'L', 16: 'G', 17: 'I', 18: 'V', 19: 'F', 20: 'L', 21: 'G', 22: 'A', 23: 'F', 24: 'S', 25: 'Y', 26: 'G', 27: 'T', 28: 'V', 29: 'F', 30: 'S', 31: 'S', 32: 'M', 33: 'T', 34: 'I', 35: 'Y', 36: 'Y', 37: 'N', 38: 'Q', 39: 'Y', 40: 'L', 41: 'G', 42: 'S', 43: 'A', 44: 'I', 45: 'T', 46: 'G', 47: 'I', 48: 'L', 49: 'L', 50: 'A', 51: 'L', 52: 'S', 53: 'A', 54: 'V', 55: 'A', 56: 'T', 57: 'F', 58: 'V', 59: 'A', 60: 'G', 61: 'I', 62: 'L', 63: 'A', 64: 'G', 65: 'F', 66: 'F', 67: 'A', 68: 'D', 69: 'R', 70: 'N', 71: 'G', 72: 'R', 73: 'K', 74: 'P', 75: 'V', 76: 'M', 77: 'V', 78: 'F', 79: 'G', 80: 'T', 81: 'I', 82: 'I', 83: 'Q', 84: 'L', 85: 'L', 86: 'G', 87: 'A', 88: 'A', 89: 'L', 90: 'A', 91: 'I', 92: 'A', 93: 'S', 94: 'N', 95: 'L', 96: 'P', 97: 'G', 98: 'H', 99: 'V', 100: 'N', 101: 'P', 102: 'W', 103: 'S', 104: 'T', 105: 'F', 106: 'I', 107: 'A', 108: 'F', 109: 'L', 110: 'L', 111: 'I', 112: 'S', 113: 'F', 114: 'G', 115: 'Y', 116: 'N', 117: 'F', 118: 'V', 119: 'I', 120: 'T', 121: 'A', 122: 'G', 123: 'N', 124: 'A', 125: 'M', 126: 'I', 127: 'I', 128: 'D', 129: 'A', 130: 'S', 131: 'N', 132: 'A', 133: 'E', 134: 'N', 135: 'R', 136: 'K', 137: 'V', 138: 'V', 139: 'F', 140: 'M', 141: 'L', 142: 'D', 143: 'Y', 144: 'W', 145: 'A', 146: 'Q', 147: 'N', 148: 'L', 149: 'S', 150: 'V', 151: 'I', 152: 'L', 153: 'G', 154: 'A', 155: 'A', 156: 'L', 157: 'G', 158: 'A', 159: 'W', 160: 'L', 161: 'F', 162: 'R', 163: 'P', 164: 'A', 165: 'F', 166: 'E', 167: 'A', 168: 'L', 169: 'L', 170: 'V', 171: 'I', 172: 'L', 173: 'L', 174: 'L', 175: 'T', 176: 'V', 177: 'L', 178: 'V', 179: 'S', 180: 'F', 181: 'F', 182: 'L', 183: 'T', 184: 'T', 185: 'F', 186: 'V', 187: 'M', 188: 'T', 189: 'E', 190: 'T', 191: 'F', 192: 'K', 193: 'P', 194: 'T', 202: 'D', 203: 'N', 204: 'I', 205: 'F', 206: 'Q', 207: 'A', 208: 'Y', 209: 'K', 210: 'T', 211: 'V', 212: 'L', 213: 'Q', 214: 'D', 215: 'K', 216: 'T', 217: 'Y', 218: 'M', 219: 'I', 220: 'F', 221: 'M', 222: 'G', 223: 'A', 224: 'N', 225: 'I', 226: 'A', 227: 'T', 228: 'T', 229: 'F', 230: 'I', 231: 'I', 232: 'M', 233: 'Q', 234: 'F', 235: 'D', 236: 'N', 237: 'F', 238: 'L', 239: 'P', 240: 'V', 241: 'H', 242: 'L', 243: 'S', 244: 'N', 245: 'S', 246: 'F', 247: 'K', 248: 'T', 249: 'I', 250: 'T', 257: 'Y', 258: 'G', 259: 'Q', 260: 'R', 261: 'M', 262: 'L', 263: 'T', 264: 'I', 265: 'Y', 266: 'L', 267: 'I', 268: 'L', 269: 'A', 270: 'C', 271: 'V', 272: 'L', 273: 'V', 274: 'V', 275: 'L', 276: 'L', 277: 'M', 278: 'T', 279: 'T', 280: 'L', 281: 'N', 282: 'R', 283: 'L', 284: 'T', 285: 'K', 286: 'D', 287: 'W', 288: 'S', 289: 'H', 290: 'Q', 291: 'K', 292: 'G', 293: 'F', 294: 'I', 295: 'W', 296: 'G', 297: 'S', 298: 'L', 299: 'F', 300: 'M', 301: 'A', 302: 'I', 303: 'G', 304: 'M', 305: 'I', 306: 'F', 307: 'S', 308: 'F', 309: 'L', 310: 'T', 311: 'T', 312: 'T', 313: 'F', 314: 'T', 315: 'P', 316: 'I', 317: 'F', 318: 'I', 319: 'A', 320: 'G', 321: 'I', 322: 'V', 323: 'Y', 324: 'T', 325: 'L', 326: 'G', 327: 'E', 328: 'I', 329: 'V', 330: 'Y', 331: 'T', 332: 'P', 333: 'S', 334: 'V', 335: 'Q', 336: 'T', 337: 'L', 338: 'G', 339: 'A', 340: 'D', 341: 'L', 342: 'M', 343: 'N', 344: 'P', 345: 'E', 346: 'K', 347: 'I', 348: 'G', 349: 'S', 350: 'Y', 351: 'N', 352: 'G', 353: 'V', 354: 'A', 355: 'A', 356: 'I', 357: 'K', 358: 'M', 359: 'P', 360: 'I', 361: 'A', 362: 'S', 363: 'I', 364: 'L', 365: 'A', 366: 'G', 367: 'L', 368: 'L', 369: 'V', 370: 'S', 371: 'I', 372: 'S', 373: 'P', 374: 'M', 375: 'I', 376: 'K', 377: 'A', 378: 'I', 379: 'G', 380: 'V', 381: 'S', 382: 'L', 383: 'V', 384: 'L', 385: 'A', 386: 'L', 387: 'T', 388: 'E', 389: 'V', 390: 'L', 391: 'A', 392: 'I', 393: 'I', 394: 'L', 395: 'V', 396: 'L', 397: 'V', 398: 'A', 399: 'V', 400: 'N', 401: 'R', 402: 'H', 403: 'Q', 404: 'K', 405: 'T', 406: 'K'}
XYZ not defined for 1
XYZ not defined for 195
XYZ not defined for 196
XYZ not defined for 197
XYZ not defined for 198
XYZ not defined for 199
XYZ not defined for 200
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XYZ not defined for 251
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XYZ not defined for 255
XYZ not defined for 256
Warning! Something went wrong - len of cbxyz != seqlen!! 392 406
python3 $SCRIPTPATH/visuals/residue-index.py pdb.npy index.png
Matplotlib created a temporary config/cache directory at /tmp/matplotlib-k337mhi0 because the default path (/usr/share/httpd/.cache/matplotlib) is not a writable directory; it is highly recommended to set the MPLCONFIGDIR environment variable to a writable directory, in particular to speed up the import of Matplotlib and to better support multiprocessing.
python3 $SCRIPTPATH/visuals/dmap2chord.py pdb.npy $outchord pdb.dssp
Matplotlib created a temporary config/cache directory at /tmp/matplotlib-hc2v2ns5 because the default path (/usr/share/httpd/.cache/matplotlib) is not a writable directory; it is highly recommended to set the MPLCONFIGDIR environment variable to a writable directory, in particular to speed up the import of Matplotlib and to better support multiprocessing.
# Generate heatmap (PDB only)
python3 $SCRIPTPATH/visuals/heatmaps.py -n pdb.npy -o $outheat -s pdb.dssp
Matplotlib created a temporary config/cache directory at /tmp/matplotlib-zuc3zhxe because the default path (/usr/share/httpd/.cache/matplotlib) is not a writable directory; it is highly recommended to set the MPLCONFIGDIR environment variable to a writable directory, in particular to speed up the import of Matplotlib and to better support multiprocessing.
/var/www/html/disteval/scripts/visuals/heatmaps.py:163: RuntimeWarning: invalid value encountered in greater
  true_cb_map[true_cb_map > 20] = 20
/var/www/html/disteval/scripts/visuals/heatmaps.py:164: RuntimeWarning: invalid value encountered in less
  true_cb_map[true_cb_map < 3.5] = 3.5
Namespace(dsspfile='pdb.dssp', outsvg='pdb_heatmap.svg', prednpyfile=None, truenpyfile='pdb.npy')
ticks: left, bottom
Done

if [[ $colorscheme == "default" ]]; then
	python3 $SCRIPTPATH/visuals/heatmaps.py -n pdb.npy -o $outheat -s pdb.dssp
else
	echo "Using non-default coloring scheme.."
	python3 $SCRIPTPATH/visuals/heatmaps-integration-jamie.py -n pdb.npy -o $outheat -s pdb.dssp -c $colorscheme
fi
Matplotlib created a temporary config/cache directory at /tmp/matplotlib-y_y02k2q because the default path (/usr/share/httpd/.cache/matplotlib) is not a writable directory; it is highly recommended to set the MPLCONFIGDIR environment variable to a writable directory, in particular to speed up the import of Matplotlib and to better support multiprocessing.
/var/www/html/disteval/scripts/visuals/heatmaps.py:163: RuntimeWarning: invalid value encountered in greater
  true_cb_map[true_cb_map > 20] = 20
/var/www/html/disteval/scripts/visuals/heatmaps.py:164: RuntimeWarning: invalid value encountered in less
  true_cb_map[true_cb_map < 3.5] = 3.5
Namespace(dsspfile='pdb.dssp', outsvg='pdb_heatmap.svg', prednpyfile=None, truenpyfile='pdb.npy')
ticks: left, bottom
Done