inpdb=$1
outchord=$2
outheat=$3
colorscheme=$4

echo "inpdb"
inpdb
echo $inpdb
/var/www/html/disteval/static/working/15-Sep-2025-00-43-07/tstiule.pdb
echo "outchord"
outchord
echo $outchord
pdb_chord.svg
echo "outheat"
outheat
echo $outheat
pdb_heatmap.svg

SCRIPTPATH="$( cd "$(dirname "$0")" >/dev/null 2>&1 ; pwd -P )"

# Generate DSSP file and check for errors
perl $SCRIPTPATH/visuals/dssp.pl $inpdb > pdb.dssp.tmp
python3 $SCRIPTPATH/visuals/fix-dssp.py $inpdb pdb.dssp.tmp > pdb.dssp
python3 $SCRIPTPATH/visuals/check-dssp-errors.py $inpdb pdb.dssp

# Generate chord diagram for PDB
python3 $SCRIPTPATH/visuals/pdb2cbmap.py $inpdb pdb.npy
{5: 'P', 6: 'A', 7: 'V', 8: 'G', 9: 'I', 10: 'D', 11: 'L', 12: 'G', 13: 'T', 14: 'T', 15: 'Y', 16: 'S', 17: 'C', 18: 'V', 19: 'G', 20: 'V', 21: 'F', 22: 'Q', 23: 'H', 24: 'G', 25: 'K', 26: 'V', 27: 'E', 28: 'I', 29: 'I', 30: 'A', 31: 'N', 32: 'D', 33: 'Q', 34: 'G', 35: 'N', 36: 'R', 37: 'T', 38: 'T', 39: 'P', 40: 'S', 41: 'Y', 42: 'V', 43: 'A', 44: 'F', 45: 'T', 46: 'D', 47: 'T', 48: 'E', 49: 'R', 50: 'L', 51: 'I', 52: 'G', 53: 'D', 54: 'A', 55: 'A', 56: 'K', 57: 'N', 58: 'Q', 59: 'V', 60: 'A', 61: 'M', 62: 'N', 63: 'P', 64: 'T', 65: 'N', 66: 'T', 67: 'V', 68: 'F', 69: 'D', 70: 'A', 71: 'K', 72: 'R', 73: 'L', 74: 'I', 75: 'G', 76: 'R', 77: 'R', 78: 'F', 79: 'D', 80: 'D', 81: 'A', 82: 'V', 83: 'V', 84: 'Q', 85: 'S', 86: 'D', 87: 'M', 88: 'K', 89: 'H', 90: 'W', 91: 'P', 92: 'F', 93: 'M', 94: 'V', 95: 'V', 96: 'N', 97: 'D', 98: 'A', 99: 'G', 100: 'R', 101: 'P', 102: 'K', 103: 'V', 104: 'Q', 105: 'V', 106: 'E', 107: 'Y', 108: 'K', 109: 'G', 110: 'E', 111: 'T', 112: 'K', 113: 'S', 114: 'F', 115: 'Y', 116: 'P', 117: 'E', 118: 'E', 119: 'V', 120: 'S', 121: 'S', 122: 'M', 123: 'V', 124: 'L', 125: 'T', 126: 'K', 127: 'M', 128: 'K', 129: 'E', 130: 'I', 131: 'A', 132: 'E', 133: 'A', 134: 'Y', 135: 'L', 136: 'G', 137: 'K', 138: 'T', 139: 'V', 140: 'T', 141: 'N', 142: 'A', 143: 'V', 144: 'V', 145: 'T', 146: 'V', 147: 'P', 148: 'A', 149: 'Y', 150: 'G', 151: 'N', 152: 'S', 153: 'P', 154: 'Q', 155: 'E', 156: 'E', 157: 'V', 158: 'E', 159: 'L', 160: 'K', 161: 'K', 162: 'L', 163: 'K', 164: 'H', 165: 'L', 166: 'E', 167: 'K', 168: 'S', 169: 'V', 170: 'E', 171: 'K', 172: 'I', 173: 'A', 174: 'D', 175: 'Q', 176: 'L', 177: 'E', 178: 'E', 179: 'L', 180: 'N', 181: 'K', 182: 'E', 183: 'L', 184: 'T', 185: 'G', 186: 'I', 187: 'Q', 188: 'Q', 189: 'G', 190: 'F', 191: 'L', 192: 'P', 193: 'K', 194: 'D', 195: 'L', 196: 'Q', 197: 'A', 198: 'E', 199: 'A', 200: 'L', 201: 'C', 202: 'K', 203: 'L', 204: 'D', 205: 'R', 206: 'R', 207: 'V', 208: 'K', 209: 'A', 210: 'T', 211: 'I', 212: 'E', 213: 'Q', 214: 'F', 215: 'M', 216: 'K', 217: 'I', 218: 'L', 219: 'E', 220: 'E', 221: 'I', 222: 'D', 223: 'T', 224: 'L', 225: 'I', 226: 'L', 227: 'P', 228: 'E', 229: 'N', 230: 'F', 231: 'K', 232: 'D', 233: 'S', 234: 'R', 235: 'L', 236: 'K', 237: 'R', 238: 'K', 239: 'G', 240: 'L', 241: 'V', 242: 'K', 243: 'K', 244: 'V', 245: 'Q', 246: 'A', 247: 'F', 248: 'L', 249: 'A', 250: 'E', 251: 'C', 252: 'D', 253: 'T', 254: 'V', 255: 'E', 256: 'Q', 257: 'N', 258: 'I', 259: 'C', 260: 'Q', 261: 'R', 262: 'R', 263: 'L', 264: 'R', 265: 'T', 266: 'A', 267: 'C', 268: 'E', 269: 'R', 270: 'A', 271: 'K', 272: 'R', 273: 'T', 274: 'L', 275: 'S', 276: 'S', 277: 'S', 278: 'T', 279: 'Q', 280: 'A', 281: 'S', 282: 'I', 283: 'E', 284: 'I', 285: 'D', 286: 'S', 287: 'L', 288: 'Y', 289: 'E', 290: 'G', 291: 'I', 292: 'D', 293: 'F', 294: 'Y', 295: 'T', 296: 'S', 297: 'I', 298: 'T', 299: 'R', 300: 'A', 301: 'R', 302: 'F', 303: 'E', 304: 'E', 305: 'L', 306: 'N', 307: 'A', 308: 'D', 309: 'L', 310: 'F', 311: 'R', 312: 'G', 313: 'T', 314: 'L', 315: 'D', 316: 'P', 317: 'V', 318: 'E', 319: 'K', 320: 'A', 321: 'L', 322: 'R', 323: 'D', 324: 'A', 325: 'K', 326: 'L', 327: 'D', 328: 'K', 329: 'S', 330: 'Q', 331: 'I', 332: 'H', 333: 'D', 334: 'I', 335: 'V', 336: 'L', 337: 'V', 338: 'G', 339: 'G', 340: 'S', 341: 'T', 342: 'R', 343: 'I', 344: 'P', 345: 'K', 346: 'I', 347: 'Q', 348: 'K', 349: 'L', 350: 'L', 351: 'Q', 352: 'D', 353: 'F', 354: 'F', 355: 'N', 356: 'G', 357: 'K', 358: 'E', 359: 'L', 360: 'N', 361: 'K', 362: 'S', 363: 'I', 364: 'N', 365: 'P', 366: 'D', 367: 'E', 368: 'A', 369: 'V', 370: 'A', 371: 'Y', 372: 'G', 373: 'A', 374: 'A', 375: 'V', 376: 'Q', 377: 'A', 378: 'A', 379: 'I', 380: 'L', 381: 'S'}
Warning! residue not defined for rnum = 1
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Warning! residue not defined for rnum = 4
{5: 'P', 6: 'A', 7: 'V', 8: 'G', 9: 'I', 10: 'D', 11: 'L', 12: 'G', 13: 'T', 14: 'T', 15: 'Y', 16: 'S', 17: 'C', 18: 'V', 19: 'G', 20: 'V', 21: 'F', 22: 'Q', 23: 'H', 24: 'G', 25: 'K', 26: 'V', 27: 'E', 28: 'I', 29: 'I', 30: 'A', 31: 'N', 32: 'D', 33: 'Q', 34: 'G', 35: 'N', 36: 'R', 37: 'T', 38: 'T', 39: 'P', 40: 'S', 41: 'Y', 42: 'V', 43: 'A', 44: 'F', 45: 'T', 46: 'D', 47: 'T', 48: 'E', 49: 'R', 50: 'L', 51: 'I', 52: 'G', 53: 'D', 54: 'A', 55: 'A', 56: 'K', 57: 'N', 58: 'Q', 59: 'V', 60: 'A', 61: 'M', 62: 'N', 63: 'P', 64: 'T', 65: 'N', 66: 'T', 67: 'V', 68: 'F', 69: 'D', 70: 'A', 71: 'K', 72: 'R', 73: 'L', 74: 'I', 75: 'G', 76: 'R', 77: 'R', 78: 'F', 79: 'D', 80: 'D', 81: 'A', 82: 'V', 83: 'V', 84: 'Q', 85: 'S', 86: 'D', 87: 'M', 88: 'K', 89: 'H', 90: 'W', 91: 'P', 92: 'F', 93: 'M', 94: 'V', 95: 'V', 96: 'N', 97: 'D', 98: 'A', 99: 'G', 100: 'R', 101: 'P', 102: 'K', 103: 'V', 104: 'Q', 105: 'V', 106: 'E', 107: 'Y', 108: 'K', 109: 'G', 110: 'E', 111: 'T', 112: 'K', 113: 'S', 114: 'F', 115: 'Y', 116: 'P', 117: 'E', 118: 'E', 119: 'V', 120: 'S', 121: 'S', 122: 'M', 123: 'V', 124: 'L', 125: 'T', 126: 'K', 127: 'M', 128: 'K', 129: 'E', 130: 'I', 131: 'A', 132: 'E', 133: 'A', 134: 'Y', 135: 'L', 136: 'G', 137: 'K', 138: 'T', 139: 'V', 140: 'T', 141: 'N', 142: 'A', 143: 'V', 144: 'V', 145: 'T', 146: 'V', 147: 'P', 148: 'A', 149: 'Y', 150: 'G', 151: 'N', 152: 'S', 153: 'P', 154: 'Q', 155: 'E', 156: 'E', 157: 'V', 158: 'E', 159: 'L', 160: 'K', 161: 'K', 162: 'L', 163: 'K', 164: 'H', 165: 'L', 166: 'E', 167: 'K', 168: 'S', 169: 'V', 170: 'E', 171: 'K', 172: 'I', 173: 'A', 174: 'D', 175: 'Q', 176: 'L', 177: 'E', 178: 'E', 179: 'L', 180: 'N', 181: 'K', 182: 'E', 183: 'L', 184: 'T', 185: 'G', 186: 'I', 187: 'Q', 188: 'Q', 189: 'G', 190: 'F', 191: 'L', 192: 'P', 193: 'K', 194: 'D', 195: 'L', 196: 'Q', 197: 'A', 198: 'E', 199: 'A', 200: 'L', 201: 'C', 202: 'K', 203: 'L', 204: 'D', 205: 'R', 206: 'R', 207: 'V', 208: 'K', 209: 'A', 210: 'T', 211: 'I', 212: 'E', 213: 'Q', 214: 'F', 215: 'M', 216: 'K', 217: 'I', 218: 'L', 219: 'E', 220: 'E', 221: 'I', 222: 'D', 223: 'T', 224: 'L', 225: 'I', 226: 'L', 227: 'P', 228: 'E', 229: 'N', 230: 'F', 231: 'K', 232: 'D', 233: 'S', 234: 'R', 235: 'L', 236: 'K', 237: 'R', 238: 'K', 239: 'G', 240: 'L', 241: 'V', 242: 'K', 243: 'K', 244: 'V', 245: 'Q', 246: 'A', 247: 'F', 248: 'L', 249: 'A', 250: 'E', 251: 'C', 252: 'D', 253: 'T', 254: 'V', 255: 'E', 256: 'Q', 257: 'N', 258: 'I', 259: 'C', 260: 'Q', 261: 'R', 262: 'R', 263: 'L', 264: 'R', 265: 'T', 266: 'A', 267: 'C', 268: 'E', 269: 'R', 270: 'A', 271: 'K', 272: 'R', 273: 'T', 274: 'L', 275: 'S', 276: 'S', 277: 'S', 278: 'T', 279: 'Q', 280: 'A', 281: 'S', 282: 'I', 283: 'E', 284: 'I', 285: 'D', 286: 'S', 287: 'L', 288: 'Y', 289: 'E', 290: 'G', 291: 'I', 292: 'D', 293: 'F', 294: 'Y', 295: 'T', 296: 'S', 297: 'I', 298: 'T', 299: 'R', 300: 'A', 301: 'R', 302: 'F', 303: 'E', 304: 'E', 305: 'L', 306: 'N', 307: 'A', 308: 'D', 309: 'L', 310: 'F', 311: 'R', 312: 'G', 313: 'T', 314: 'L', 315: 'D', 316: 'P', 317: 'V', 318: 'E', 319: 'K', 320: 'A', 321: 'L', 322: 'R', 323: 'D', 324: 'A', 325: 'K', 326: 'L', 327: 'D', 328: 'K', 329: 'S', 330: 'Q', 331: 'I', 332: 'H', 333: 'D', 334: 'I', 335: 'V', 336: 'L', 337: 'V', 338: 'G', 339: 'G', 340: 'S', 341: 'T', 342: 'R', 343: 'I', 344: 'P', 345: 'K', 346: 'I', 347: 'Q', 348: 'K', 349: 'L', 350: 'L', 351: 'Q', 352: 'D', 353: 'F', 354: 'F', 355: 'N', 356: 'G', 357: 'K', 358: 'E', 359: 'L', 360: 'N', 361: 'K', 362: 'S', 363: 'I', 364: 'N', 365: 'P', 366: 'D', 367: 'E', 368: 'A', 369: 'V', 370: 'A', 371: 'Y', 372: 'G', 373: 'A', 374: 'A', 375: 'V', 376: 'Q', 377: 'A', 378: 'A', 379: 'I', 380: 'L', 381: 'S'}
XYZ not defined for 1
XYZ not defined for 2
XYZ not defined for 3
XYZ not defined for 4
Warning! Something went wrong - len of cbxyz != seqlen!! 377 381
python3 $SCRIPTPATH/visuals/residue-index.py pdb.npy index.png
Matplotlib created a temporary config/cache directory at /tmp/matplotlib-mbf9aq34 because the default path (/usr/share/httpd/.cache/matplotlib) is not a writable directory; it is highly recommended to set the MPLCONFIGDIR environment variable to a writable directory, in particular to speed up the import of Matplotlib and to better support multiprocessing.
python3 $SCRIPTPATH/visuals/dmap2chord.py pdb.npy $outchord pdb.dssp
Matplotlib created a temporary config/cache directory at /tmp/matplotlib-mgn_ilhn because the default path (/usr/share/httpd/.cache/matplotlib) is not a writable directory; it is highly recommended to set the MPLCONFIGDIR environment variable to a writable directory, in particular to speed up the import of Matplotlib and to better support multiprocessing.
# Generate heatmap (PDB only)
python3 $SCRIPTPATH/visuals/heatmaps.py -n pdb.npy -o $outheat -s pdb.dssp
Matplotlib created a temporary config/cache directory at /tmp/matplotlib-cnkfu2fz because the default path (/usr/share/httpd/.cache/matplotlib) is not a writable directory; it is highly recommended to set the MPLCONFIGDIR environment variable to a writable directory, in particular to speed up the import of Matplotlib and to better support multiprocessing.
/var/www/html/disteval/scripts/visuals/heatmaps.py:163: RuntimeWarning: invalid value encountered in greater
  true_cb_map[true_cb_map > 20] = 20
/var/www/html/disteval/scripts/visuals/heatmaps.py:164: RuntimeWarning: invalid value encountered in less
  true_cb_map[true_cb_map < 3.5] = 3.5
Namespace(dsspfile='pdb.dssp', outsvg='pdb_heatmap.svg', prednpyfile=None, truenpyfile='pdb.npy')
ticks: left, bottom
Done

if [[ $colorscheme == "default" ]]; then
	python3 $SCRIPTPATH/visuals/heatmaps.py -n pdb.npy -o $outheat -s pdb.dssp
else
	echo "Using non-default coloring scheme.."
	python3 $SCRIPTPATH/visuals/heatmaps-integration-jamie.py -n pdb.npy -o $outheat -s pdb.dssp -c $colorscheme
fi
Matplotlib created a temporary config/cache directory at /tmp/matplotlib-i76k3xh5 because the default path (/usr/share/httpd/.cache/matplotlib) is not a writable directory; it is highly recommended to set the MPLCONFIGDIR environment variable to a writable directory, in particular to speed up the import of Matplotlib and to better support multiprocessing.
/var/www/html/disteval/scripts/visuals/heatmaps.py:163: RuntimeWarning: invalid value encountered in greater
  true_cb_map[true_cb_map > 20] = 20
/var/www/html/disteval/scripts/visuals/heatmaps.py:164: RuntimeWarning: invalid value encountered in less
  true_cb_map[true_cb_map < 3.5] = 3.5
Namespace(dsspfile='pdb.dssp', outsvg='pdb_heatmap.svg', prednpyfile=None, truenpyfile='pdb.npy')
ticks: left, bottom
Done